Setnakhte cai trị trong vòng 3 năm, bằng chứng là năm thứ hai của ông được đánh dấu trên một tấm bia đá ở Elephantine và năm thứ 3 được khắc trên một đoạn văn tự cổ tại Sinai[1]. Nhà nghiên cứu Peter Clayton cũng cho rằng Setnakhte ở ngôi được 3 năm[2].

Tuy nhiên vào tháng 1/2007, tờ báo Al-Ahram đã đưa tin, các nhà khoa học đã tìm được một tấm bia của "Tư tế cấp cao của Amun" tên Bakenkhunsu có đánh dấu năm trị vì thứ tư của ông. Báo viết rằng:

"Theo những thông tin mới được cung cấp trên tấm bia, niên đại của Setnakhte chắc chắn kéo dài 4 năm, và có thể nhiều hơn [một ít] nữa..."[3]

Zahi Hawass, Tổng thư ký Hội đồng Tối cao Khảo cổ học, tuyên bố khám phá này là một trong những phát hiện quan trọng nhất vì nó "điều chỉnh lại lịch sử của triều đại thứ 20 và biết thêm về cuộc đời của Bakenkhunsu"[3].

Tuy nhiên, con số 4 năm mà báo Al-Ahram đưa ra lại không thể phủ nhận được thực tế là Setnakhte chỉ cai trị trong 3 năm (chứ không phải 4), bởi vì năm cai trị thứ nhất của ông không xuất hiện tại bất cứ đâu. Vào ngày 10 Shemu năm 2[4], tấm bia Elephantine có ghi rằng: "Không có kẻ thù nào dám chống lại ngài trên khắp mọi vùng đất". Điều này có nghĩa là Setnakhte đang có một cuộc đấu tranh để giành ngai vàng, có thể là với nữ hoàng Twosret. Từ đó làm dấy lên nghi vấn rằng, năm cuối trị vì của Twosret cũng là năm đầu tiên làm vua của Setnakhte. Thực tế, trong bất kỳ sự chuyển giao quyền lực nào giữa các triều đại, luôn có ít nhất 1 năm mà Ai Cập không được kiểm soát bởi bất kỳ một vị vua nào, và vì thế niên đại của Setnakhte sẽ giảm từ 4 thành 3 năm.